等明军诸部开始重新控制各个要冲、官衙、城门。当然，其中也闹出不少问题，比如相较于焦琏等经过多次整顿的光复军将士，冯信、陈泽所率的海军诸部军纪就相当糟糕了，入城之后，弄出不少劫掠、勒索，不听军令，到处乱窜的事情。好在陈子龙发现后，及时向接着入城的李过反应，李过当即下令，从教导师中抽调人手组成督纪队，巡查各处，严肃军纪，砍了二十多颗头颅，算是将人马收了回来。当然，其中自然也会引发光复中军和海军间冲突，但到了眼下这个状况，海军这些兵头子也明白自家富贵荣华还在那位天子身上，也不敢在眼皮子底下闹事，只得灰溜溜带着兵马被赶到城北军营驻扎。至于城内各处火灾，直到天色大亮后，才逐渐在全城军民的努力下扑灭，不过损失依旧不小，至少有几百间房屋被烧。皇城之中的火势也基本停息，唯独奉天殿实在太禁烧了，到了午后才逐渐平息，从整个紫禁城来看，大概五分之一的建筑遭到了破坏。天子还旆是一件相当隆重的事情，纵使此时军中没有大臣跟随，但城内的陈子龙等人也绝对不会轻视此事，朱由榔只好先在城外聚宝山大报恩寺暂住一晚上，第二天沐浴更衣，准备入城。城中李过、焦琏、陈子龙等人忙活了一宿，连忙把乱糟糟的城门和街道收拾好，听闻天子象征的华盖、六驷居然被宰了吃肉，一些士子和学究当场破口大骂，直言日后绝对要参李过等人一本，居然连天子的车马都保不住，要尔等何用？可不管如何，没了就是没了，南京城里若是鸡飞狗跳搜一番，倒也不是没可能找出六匹白色骏马来，但朱由榔却主动拒绝了，表示“朕持干戈而定社稷，所赖者兵民耳，已张威势于天下，何须繁琐仪节傍身？”